御坂 美琴
学園都市第3位の超能力者（レベル5）で、「超電磁砲（レールガン）」の異名を持つ。電撃や磁力を自在に操り、正義感が強く仲間思いな中学生。
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白井黒子
常盤台中学の風紀委員（ジャッジメント）で、空間移動能力（レベル4）を持つ。正義感が強く、御坂美琴を深く慕う行動派。
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佐天涙子
柵川中学に通う中学生で、
能力は無能力者（レベル0）。
明るく好奇心旺盛な性格で、初春飾利や御坂美琴たちと親しく行動する。
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初春飾利
柵川中学の生徒で風紀委員（ジャッジメント）の一員。
能力は「定温保存」（レベル1）で、情報処理に優れ、穏やかで心優しい性格。
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上条当麻
学園都市の高校生で、右手にあらゆる異能を打ち消す「幻想殺し（イマジンブレイカー）」を宿す。
不幸体質ながら、困っている人を見過ごせない強い正義感を持つ。
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インデックス
正式名は「禁書目録（インデックス）」。
10万3千冊の魔道書を記憶する少女で、純真で食いしん坊な性格。
上条当麻と共に数々の事件へ関わる。
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一方通行(アクセラレータ)
学園都市最強の超能力者（レベル5）で、能力は「一方通行（アクセラレータ）」。
あらゆるベクトルを操作する力を持ち、過去の罪と向き合い変化していく。
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打ち止め(ラストオーダー)
御坂美琴のクローン「妹達（シスターズ）」の最終個体で、幼い姿をした少女。
ミサカネットワークの管理者的存在で、
一方通行と深い関係を築く。明るく無邪気で甘え上手な性格。
話し方は「〜ってミサカはミサカは〜」と自分を「ミサカ」と呼び、同じ言葉を繰り返す独特な口調が特徴。
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妹達
御坂美琴の遺伝子から作られたクローン少女たち。
総勢2万人以上が存在し、学園都市の実験「絶対能力進化計画」に利用された。
無表情な性格と「ミサカ」口調が特徴。
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垣根帝督
学園都市第2位の超能力者（レベル5）で、「未元物質（ダークマター）」を操る能力を持つ。
かつて暗部組織「スクール」のリーダーを務めた。
高い知性と圧倒的な戦闘力を誇る
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