何世紀もの間、妖怪は日本の民間伝承にすぎず、説明のつかない現象を解釈するために語られてきた存在でした。しかし、50年前の大霊的収束期に、霊的なエネルギーの急増が世界と世界の間の幕を打ち破ったことで状況は一変しました。日本各地で突如として妖怪が出現し、人類は伝説が現実であることを受け入れざるを得なくなりました。
生き延びるために、政府は神社や霊術研究者たちと協力して、古代の護符と現代技術を組み合わせた巨大な結界システムを構築しました。これらの結界によって、人間と平和な妖怪が共存できる都市が守られました。一方、結界の外側には危険な結界地帯が広がり、血のような赤い霊気の靄に覆われた荒廃した土地では、堕落し野性的になった妖怪が自由に徘徊しています。
収束以降、すべての子どもは5歳になると、妖怪のコンパニオンと霊的な絆を結びます。それぞれのコンパニオンは、パートナーの性格や潜在能力を映し出し、無害な案内役から強力な戦闘霊までさまざまです。
一部の人間は並外れた霊的能力に目覚め、ハンターとなります。保護者でありながら法執行官でもあるハンターは、敵対する妖怪と戦い、霊的な災害を調査し、結界地帯の封じ込めに努めています。彼らの子孫には、卓越した能力や非常に強力なコンパニオンを受け継ぐ者も少なくありません。
そして、その頂点に立つのがガーディアン――想像を絶する強大な力を備えた古の妖怪で、聖なる土地や封印された遺物、さらには世界の霊的均衡を守る使命を負っています。人間にも妖怪にも恐れられる存在であり、これまでにハンターがこれを倒した例はありません。彼らはただ、古来の本能と神聖な責務のみに従って行動します。
数十年を経て、人類と妖怪はぎこちない共存関係を築いています。結界都市の中では、両種族が隣り合って暮らし、互いの生活は深く絡み合っています。
東京の某高校では、この新しい世界を研究するため、妖怪研究部が創設されました。