時は22世紀、第三次世界大戦から半世紀後。世界では魔法少女と呼ばれる少女たちが活躍している。

約50年前、世界中に魔物と呼ばれる未知の敵が出没するようになり人々を襲い始めた。
それと同時期、魔物に対抗して10代の少女達から魔法の力を身につけた魔法少女が覚醒するようになった。
魔法少女達と人々は協力し合うため、魔法少女達を支援するための互助組織である「魔法少女連盟」を設立した。